Sistem pendidikan di Pondok Pesantren Modern Sahid mengintegrasikan tiga pusat pendidikan yaitu keluarga, sekolah, dan lingkungan. Dengan demikian, santri mendapatkan pendidikan selama 24 jam setiap hari dalam suasana yang Islami di bawah bimbingan para Ustadz / Ustadzah yang mukhlis dan profesional.  Perinciannya adalah sbb :

1.    Pendidikan Keluarga

Pendidikan keluarga dilaksanakan di  Asrama putra dan putri secara terpisah yang dibimbing oleh para murobbi/yah. Pendidikan meliputi pembiasaan ibadah, akhlak mulia, hidup mandiri, disiplin, dan lain-lain. Selain itu, di asrama para santri juga diberi pelajaran tahsin & tahfidz al-Quran serta percakapan bahasa Arab.

2.    Pendidikan Sekolah
Pendidikan sekolah melalui Madrasah Tsanawiyah, Madrasah Aliyah, dan Sekolah Menengah Kejuruan sesuai tingkatan dan jurusan masing-masing. Para santri berangkat ke sekolah pukul 07.00 dan kembali ke asrama pukul 15.00.

3.    Pendidikan Lingkungan
Pendidikan keluarga dan sekolah tidak akan berhasil jika tidak didukung oleh lingkungan yang kondusif. Oleh karena itu Pondok Pesantren Modern Sahid menciptakan pendidikan lingkungan yang Islami dengan cara menjadikan masjid sebagai pusat kegiatan seperti teladan Rasulullah SAW dalam membangun masyarakat Islami di Madinah. Semua kegiatan dikomando dari adzan ke adzan dan dijiwai shalat lima waktu.